آموزش نصب lammps , openmpi در centos

ابتدا dependency هارو نصب میکنیم:

yum install wget -y
yum install gcc
yum install gcc-c++
yum install gcc-gfortran
yum install gcc gcc-c++ gcc-fortran kernel-devel -y

نصب openmpi

mkdir /nfs
cd /nfs
wget http://www.mpich.org/static/downloads/3.1.4/mpich-3.1.4.tar.gz
tar -xvf mpich-3.1.4.tar.gz
mkdir /nfs/mpich3
cd /nfs/mpich-3.1.4
./configure --prefix=/nfs/mpich3
make
make install

سپس برای متغیر های محلی:

vi ~/.bashrc

سپس مقادیر زیر را وارد میکنیم:

export PATH=/nfs/mpich3/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH="/nfs/mpich3/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

و برای اعمال تغییرات:

source ~/.bashrc

برای نصب lammps :

دریافت اخرین نسخه از lammps :

wget http://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz

از حالت فشرده خارج میکنیم:

tar -xvf lammps-stable.tar.gz

وارد پوشه میشیم:

cd lammps-17Nov16/
cd src/

با زدن دستور زیر تمام حالت ها برای نصب را مشاهده میکنیم:

make

برای دیدن تمام پکیج های openmpi ریجکس میزنیم:

make | grep openmpi

برای اجرای سریال نیازی به نصب openmpi نیست و اینجوری نصب میشه:

make serial

و برای نصی پارالل:

make g++_openmpi

و اگه کامپایلر اینتل داشته باشید:

icc_openmpi

این مرحله طول میکشه صبور باشید….

دقت داشته باشید برای نصب پکیج های اضاقی باید به این صورت عمل کنید:

make yes-rigid

و بعدش کامپایل کنید مثل:

make serial
  • این دو تا رو باید بعد هم بزنید (make yes-packagename , make serial )
  • اسم پکیج هارو میتونید تو اینترنت پیدا کنید.
  • برای نصب همه از make yes-all استفاده کنید که توصیه نمیکنم
  • برای حذف همه از make no -all
  • بجای make serial از هر اپشن برای کامپایل کردن میخاید استفاده کنید من serial رو مثال زدم که سریع تر کامپایل میشه.

بعد اتمام باید یه فایل جدید ایجاد شده باشه با دستور زیر اخرین فایل ویرایش شده را مشاهده کنی:

ls -ltrh
.....
-rw-r--r--. 1 root root  119 فوریه 19 12:43 style_integrate.h
-rw-r--r--. 1 root root  473 فوریه 19 12:43 style_kspace.h
-rw-r--r--. 1 root root 5.7K فوریه 19 12:43 style_pair.h
-rw-r--r--. 1 root root  248 فوریه 19 12:43 style_region.h
drwxr-xr-x. 2 root root 4.0K فوریه 19 12:45 Obj_mpi
drwxr-xr-x. 2 1719 1719 4.0K فوریه 19 12:45 STUBS
drwxr-xr-x. 2 root root  20K فوریه 19 14:31 Obj_serial
-rwxr-xr-x. 1 root root 124M فوریه 19 14:31 lmp_serial

سپس برای تست کردن یه اسکریپت ساده مینیویسیم:

vi ~/in.test

و متن زیر رو توش قرار بدید:

print "testing"

و با دستور زیر اجرا کتید:

./lmp_serial < ~/in.test

الان باید خروجی زیر رو داشته باشیم:

[root@localhost src]# ./lmp_serial <  ~/in.test 
LAMMPS (17 Nov 2016)
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (../comm.cpp:90)
  using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
hello
Total wall time: 0:00:00

 

 

0 پاسخ

دیدگاه خود را ثبت کنید

Want to join the discussion?
Feel free to contribute!

پاسخی بگذارید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *